Prolog
Hero-Geschichte
Es ist ein gewöhnlicher Tag…bis Sonic, ein Held der Gerechtigkeit, von einer geheimen Militäreinheit mit dem Codenamen G. U. N. bedrängt wird.
Sonic entflieht dem Hochsicherheits-Helikopter, in dem er gefangen gehalten wurde und rennt durch die Straßen der Stadt, um seinen Verfolgern zu entkommen. Plötzlich erscheint vor ihm ein Mysteriöser schwarzer Igel, der einen Chaos Emerald in den Händen hält. Unterdessen geschehen auf dem ganzen Planeten unerklärliche Ereignisse, nachdem Dr. Eggman verkündet hat, die Welt erobern zu wollen.
Als ihm die Zusammenhänge zwischen Shadow und Dr. Eggman klar werden, macht sich Sonic auf, den teuflischen Plan zu durchkreuzen. Dabei kann er nur auf die Hilfe seiner beiden alten Freunde zählen: Tails und Knuckles.
Dark-Geschichte
Auf der Suche nach einer streng geheimen Waffe namens „Shadow“ durchbricht das teuflische Genie Dr. Eggman das Sicherheitssystem eines wichtigen Militärstützpunktes. Tief im innern des Komplexes erkennt er, dass es sich bei der Waffe um einen schwarzen Igel handelt, der sich selbst als „die großartigste Lebensform“ bezeichnet. Und dieses Geschöpf wird „Shadow“ genannt.
Shadow lädt Dr. Eggman in die Weltraumkolonie ARK ein und zeigt ihm die Eclipse Cannon – eine mächtige Waffe, mit der man die ganze Welt zerstören kann. Dies reicht aus, um das teuflische Genie davon zu überzeugen, Shadow bei der Eroberung der Welt zu helfen zu müssen.
Während die beiden Verbrecher noch in wilden Zerstörungsplänen schwelgen, werden sie von einer bedrohlich wirkenden Fledermaus namens Rouge überrascht. Auch sie bietet ihre Hilfe an.
Der Plan, die Welt zu erobern, nimmt seinen Lauf…
Charaktere

SONIC THE HEDGEHOG
Der schnellste Überschall-Igel der Welt
Sonic, unser Superheld, wurde von den Militäreinheiten zu Unrecht für denjenigen gehalten, der aus ihrem Komplex entflohen ist. Deshalb versucht er jetzt, das Geheimnis um den schwarzen Igel, der ihm ähnlich sieht, aufzudecken. Gleichzeitig muss er Eggman und dessen teuflischen Plan von der Unterwerfung der Welt aufzuhalten.
SHADOW THE HEDGEHOG
Ein schwarzer Igel, der aussieht wie Sonic
Shadow ist die großartigste Lebensform, die von Professor Gerald Robotnik erschaffen wurde. Shadow verfügt über eine besondere Kraft, die „Chaos Control“. Er ist in der Lage, die Macht der Chaos Emeralds zu nutzen, um das Zeit-Raum-Gefüge zu verändern. Nachdem er Dr. Eggman von der Eclipse Cannon berichtet hat, fordert er ihn auf, bei der Eroberung der Welt Unterstützung zu leisten. Aber was sind seine Motive?

MILES „TAILS“ PROWER
Ein freundlicher, junger Fuchs mit zwei Schwänzen
Er kann ebenso gut bauen wie Dr. Eggman. Dies Mal spielt er mit seiner neuen Maschine „Zyklon“ sogar eine aktive Rolle. Seine Fähigkeit, Maschinen zu bauen, verschafft Sonic einen unschätzbaren Vorteil.

DR. EGGMAN
Ein teuflischer, selbst ernannter Wissenschaftler, der Sonic und seine Freunde beunruhigt.
Dr. Eggman, bekannt auch als Dr. Robotnik, ist ein teuflischer Wissenschaftler mit einem IQ von 300. Auf dem Gebiet der Roboterwissenschaften gilt er als anerkannte Autorität und verbündet sich mit Shadow und Rouge, um die Welt zu erobern. Er beabsichtigt, alle Chaos Emeralds in seinen Besitz zu bringen und Sonic, seinen Erzfeind, ein für alle Male aus dem Weg zu räumen.

KNUCKLES THE ECHIDNA
Der wilde und starke Ameisenigel
Der Hüter des Master Emeralds, Knuckles, lebt auf der treibenden Insel Angel Island. Er ist als Schatzjäger, aber auch als Kampfsportler bekannt. Als der Master Emerald zerschmettert wurde, schwor sich Knuckles, alles dafür zu tun, um jeden einzelnen Splitter des zerbrochenen Emeralds wieder aufzuspüren.
ROUGE THE BAT
Eine Mysteriöse Schatzjägerin, die Juwelen liebt.
Rouge hat sich der Jagd nach Juwelen verschrieben und ist entschlossen, reich zu werden. Sie geht leidenschaftlich in ihrer Arbeit auf. Wenn sie einen neuen Schatz ins Visier genommen hat, kann nichts sie aufhalten, bis sie ihn in Händen hält. Um die vielen Bruchstücke des Master Emeralds an sich zu bringen, bietet sie Shadow und Dr. Eggman ihre Hilfe an. Aber ihre wahre Identität bleibt den beiden verborgen.
2P-Kampfcharaktere

AMY ROSE
Ein tatkräftiges, in Sonic verliebtes Mädchen. Amy bleibt Sonic am liebsten immer auf den Fersen.
Sie ist im Laufen oder Springen zwar nicht so gut wie andere Charaktere, beherrscht aber einen Spezial-Angriff mit weniger Ringen und kann so ihre Gegner aufhalten, indem sie ununterbrochen auf sie feuert.

METAL SONIC
Der stärkste Roboter, den Dr. Eggman erfunden hat, um Sonic zu vernichten. Zwischen Metal Sonic und Sonic besteht eine große Rivalität.
Metal Sonic besitzt ähnliche Fähigkeiten wie Sonic, kann sich aber schneller bewegen, wenn es darauf ankommt. Wenn du den B-Knopf ununterbrochen drückst, kannst du Metal Sonic mit dem „Black Shield“ vor Schaden bewahren.
Hinweis: Metal Sonic kann nicht so gut bremsen und verfügt über keine Speziel-Angriffe.

CHAO WALKER
Tails schuf Chao Walker nach dem Vorbild von Chao. Er gehört zu den schnellsten Charakteren des Spiels.
Mit seinen schnellen Bewegungen kann Chao Walker sowohl den Angriffen des Gegners ausweichen, als auch eigene Angriffe durchführen. Im Vergleich zu den anderen Charakteren ist Chao Walker in der Lage, Spezial-Angriffe mit weniger aufgesammelten Ringen auszuführen. Er besitzt jedoch sehr schwache Angriffs- und Verteidigungskräfte.

DARK CHAO WALKER
Eine mächtige Kampfmaschine, die Dr. Eggman für Dark Chao erschuf.
Dark Chao Walker verfügt über enorme Angriffs- und Verteidigungskräfte und kann auch einen Hochleistungsangriff durchführen. Er ist jedoch sehr langsam und die Schusskraft seiner Volcan Cannon ist nicht sehr Effektiv.
TIKAL
Ein Mädchen mit geheimnisvollen Kräften, aus demselben uralten Stamm wie Knuckles.
Tikal bewegt sich schnell und findet in kurzer Zeit Emeralds. Aus größerer Entfernung kann sie jedoch nicht so gut aufspüren und ihre Kampfkraft ist aufgrund der geringen Reichweite ihrer Punches nicht besonders groß.

CHAOS ZERO
Die legendäre flüssige Lebensform ist der Beschützer von Chao und seiner Freunde. Chaos Zero verfügt über unermessliche Kräfte und hat ein warmes Herz.
Chaos Zero besitzt ein enormes Kampfvermögen und seine Schläge haben eine lange Reichweite. Er beherrscht außerdem spezielle Kampfangriffe, kann sich aber nicht sehr schnell bewegen.
Andere Charaktere
MARIA ROBOTNIK
Maria, ein wunderschönes geheimnisvolles Mädchen, das in der Erinnerung von Shadow existiert, ist die Enkelin von Professor Gerald Robotnik und eine Cousine von Dr. Eggman.
PROF. GERALD ROBOTNIK
Der brillante Wissenschaftler und Großvater von Dr. Eggman gehört den intelligentesten Köpfen aller Zeiten und entwarf die erste Weltraumkolonie, die „ARK“. Prof. Gerald Robotnik war außerdem an der Entwicklung der „großartigsten Lebensform“, dem „Projekt Shadow“ beteiligt. Er verschwand später unter Mysteriösen Umständen.